DataEngine - это API очень низкого уровня, который не должен использоваться без причины.
Удалить все подпункты одновременно просто:
Item Department1 = database.GetItem ("/ sitecore / медиа-библиотека / изображения / отдел1");
department1.DeleteChildren ();
Это оставит элемент Department1, но все, что находится под ним, будет удалено.