Я не думаю, что вы можете сделать это с Hibernate из коробки, но вы можете написать небольшое приложение , которое сделает это за вас. У меня есть bean-компонент, который, когда он загружен и БД пуста, читает файл sql с кучей вставок для заполнения БД.
Так что в моем случае то же приложение, которое я запускаю, также отвечает за заполнение БД.