Чтобы улучшить воспринимаемую производительность при запуске, взгляните на статику в вашем приложении. Большое количество статики может привести к значительным накладным расходам при запуске приложения.
Кроме того, рассмотрите возможность использования только вашей основной формы в EXE-файле, а все остальное - в отдельной DLL. Это не только повышает производительность, но и помогает вам отделить представление от данных.
Наконец, если вы настроили NGENing, взгляните на справку по выполнению пользовательских действий в MSI. Вы должны иметь возможность настроить пользовательское действие, чтобы делать то, что вы хотите.