Если я правильно понимаю ваш вопрос, вы ищете группы захвата. Я не знаком с .net API, но в Java это будет выглядеть примерно так:
Pattern pattern = Pattern.compile("command SPEED=(\d+) SIZE=(\d+)");
Matcher matcher = pattern.matcher(inputStr);
if (matcher.find()) {
speed = matcher.group(1);
size = matcher.group(2);
}
В приведенной выше схеме регулярных выражений есть две группы захвата, обозначенные двумя наборами скобок. В java на них нужно ссылаться по номеру, но на некоторых других языках вы можете ссылаться на них по имени.