Это не должно влиять на работающую программу. Конфигурация загружается во время запуска приложения. Если вы хотите, чтобы эти новые настройки вступили в силу, вам нужно перезапустить службу.
Редактировать :
Более подробно об ответе на ваш вопрос: когда создается служба Windows в .NET (я использую Visual Studio 2010), файл конфигурации приложения не создается с ним по умолчанию. Добавляя новый элемент / файл конфигурации приложения (App.config), вы создаете файл, который загружается при запуске службы. Как указано ниже, нет гарантии, что он не будет отслеживаться во время выполнения (если вы не создатель и не знаете, что это так), но это не распространенная практика для App.config.
В этих стандартных условиях рекомендуется вносить изменения во время работы после резервного копирования рабочей копии файла конфигурации. Затем перезапустите сервис. Если вы сломали его, вернитесь к своей рабочей копии.