Похоже, что Glassfish не использует файлы конфигурации wsit, поэтому ключи в проекте.
Необходимо добавить вашу пару ключей в keystore.jks в папке conf в каталоге домена. Также это cacerts.jks, где вам нужно добавить сертификаты, которые вы бы поместили в ваше хранилище доверенных сертификатов.
Вам необходимо сконфигурировать domain.xml и добавить под разделом soap конфигурацию для вашего псевдонима ключа.