Давно ответил, но для записи ...
Получите переменные сеанса напрямую из xsl:
<xsl:text disable-output-escaping="yes"><?php echo 'SESSION Name: ' . $_SESSION['session_name']; ?></xsl:text>
Когда выполняете преобразование, вместо того, чтобы повторять преобразование, включите его:
$output_file = 'new_file.php';
$xslt->transformToUri( $xml_dom, $output_file);
include ('new_file.php');