<h:selectManyCheckbox> отображает само по себе <table>. Таким образом, вы получите еще один <table> в одном <td> вместо того, чтобы иметь все элементы в отдельных <td> с.
Вместо этого используйте <h:selectBooleanCheckbox>. Сначала измените тип свойства Map<String, List<Integer>> на Map<String, Boolean[]> (и убедитесь, что вы подготовили его с new Boolean[24]!). Затем измените представление следующим образом:
<td><label><h:selectBooleanCheckbox value="#{schedules[scheduleName][0]}" /> 12:00AM</label></td>
<td><label><h:selectBooleanCheckbox value="#{schedules[scheduleName][1]}" /> 13:00AM</label></td>
<td><label><h:selectBooleanCheckbox value="#{schedules[scheduleName][2]}" /> 14:00AM</label></td>
<td><label><h:selectBooleanCheckbox value="#{schedules[scheduleName][3]}" /> 15:00AM</label></td>
...
A List<Integer> не подходит, поскольку значение <h:selectBooleanCheckbox> должно быть Boolean. List<Boolean> является неуклюжим, потому что вам нужно заранее заполнить его 24 Boolean.FALSE записями, чтобы избежать проблем ArrayIndexOutOfBounds. Итак, Boolean[] должен сделать.
schedules.put(scheduleName, new Boolean[24]);
// ...
и вы можете снова обработать его до List<Integer> следующим образом:
Boolean[] checkedHours = schedules.get(scheduleName);
List<Integer> hours = new ArrayList<Integer>();
for (int i = 0; i < checkedHours.length; i++) {
if (checkedHours[i]) {
hours.add(i);
}
}