У меня возникла та же проблема, и у меня ничего не получалось подключиться к экземпляру ec2 linux из Windows 7. Вот как я наконец смог подключиться.
1.) Скачать puttygen.exe и создайте файл .ppk из файла .pem, который вы скачали с amazon.2.) Используйте FireSSH (плагин для Firefox), введите имя своего хоста, используйте «ubuntu» (без кавычек) для входа в систему, оставьте пароль пустым и введите местоположение .ppk, созданного вами из puttygen.exe
Примечание: как ни странно, я не смог подключиться с помощью putty.exe, но сгенерированный закрытый ключ отлично работает с FireSSH