Вы можете иметь рабочий каталог вашего репо на вашем сервере. В пост-получении git pull на рабочий каталог, при необходимости обновите version.txt, зафиксируйте и отправьте. Это вызовет пост-получение еще раз, так что будьте осторожны с тем, как вы выполняете свое условное обновление, иначе оно попадет в цикл.
#!/bin/sh
unset GIT_DIR
cd /path/to/repo.wd
git pull
echo "new content" > version.txt
git add version.txt
git commit -m "updating version.txt"
git push origin master