У меня была такая же проблема при использовании Hibernate 4.1.x и я хотел предоставить указатель на кого-то, кто испытывает ту же проблему. В моем случае, как упоминалось в предыдущих комментариях, это был не сам объект, а скорее другой объект, на который ссылается загруженный объект. Странно было то, что эта сущность, на которую ссылаются, существовала, но к ней обращались в другой транзакции / сеансе, и это имело значение. Поскольку я писал тест с использованием Spring, простое изменение перемещения @transactional с уровня класса на метод сломало все это.