Чтобы было яснее, что другие ответы правильно утверждают:
Я могу использовать вашу первую версию, если вы хотите передать эту переменную во флэш-память.
НЕЛЬЗЯ использовать вашу первую версию, если вы хотите использовать эту переменную в запросе к базе данных.
Значение:
OK
<param name="FlashVars"
value="vGetData=./your/path/yourData.php?params=<?php echo $username; ?>" />
НЕ ОК
$query = "SELECT something FROM users WHERE username=".$username;
Я предполагаю, что вы сначала авторизуете пользователя, а затем отправляете данные на флэш-память. Если так, то, похоже, проблемы нет. Верно?