Я прошу прощения за мой начальный комментарий, мой поиск изначально дал очень мало результатов.
Теперь, глядя на документацию , я вижу, что вы должны быть в состоянии сделать это. У меня нет времени, чтобы проверить это, но я бы попробовал сделать два прохода. Первый проход должен превратить ваш PNG в фильм с прозрачным фоном такой же продолжительности, как и у вашего другого фильма. Что-то вроде:
ffmpeg -loop_input -f image2 -i background.png -r 25 -vframes 250 -an -vcodec png test.mov
Я выбрал PNG для видеокодека, потому что согласно этот пост поддерживает прозрачность в контейнерах MOV.
Тогда вам следует надеяться, что вы сможете просто передать этот фильм в исходную команду, в которой у вас было изображение.