Я не помню, дает ли apt-get
фактически предсказуемо отформатированное сообщение, информирующее вас о необходимости перезагрузки, но если это произойдет, вы можете просто проверить вывод, например что-то вроде apt-get -fy update | grep -q 'fill in restart message pattern' && reboot
.
Другая, вероятно, менее надежная альтернатива - это использование checkrestart
из пакета debian-goodies
.