Я думаю, что может быть лучше создать новый репо на сервере:
% ssh user@server
% mv /path/to/repo /path/to/repo.old
% mkdir /path/to/repo
% cd /path/to/repo
% git init --bare
Тогда оттолкнитесь от всех своих клонов. Я думаю, что это позволит избежать любых поврежденных файлов, которые могут быть в старом репо, и не должно быть никаких потерь, при условии, что вы все работаете над своими клонами, и никто не возится в репо сервера.