Та же проблема для меня, вам нужно изменить файл NAMESPACE. иногда содержимое NAMESPACE выглядит так:
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
Но вам нужно изменить его вручную , например:
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
export("function_name1", "function_name2")
ИЛИ используйте exportPattern("^[^\\.]")
для экспорта всех функций.