Нет, это невозможно. m2e зависит от наличия pom.xml. Единственный способ изменить поведение в m2e - это использовать профили maven. Следующее будет активировано автоматически при использовании m2e:
<profile>
<id>m2e</id>
<activation>
<property>
<name>m2e.version</name>
</property>
</activation>
...
</profile>
Ваши сборки CLI останутся без изменений, если вы не используете профиль m2e вручную.