Это не самое удачное решение, но оно простое и должно работать в условиях ядра:
(try (throw (Exception. "")) (catch Exception e (.printStackTrace e *out*)))
Вы можете проверить код в коде, если хотите что-то, кроме печатной версии.Смотрите также clojure.stacktrace в текущей ветке master или clj-stacktrace для clojure 1.2.