Вы можете настроить командную строку GUD GDB. К сожалению, это глобальная настройка, а не что-то для буфера / -проекта ...
M-x customize-apropos gud
(или перейдите к Настройке группы Emacs / Программирование / Инструменты / Gud )
Найдите Имя команды Gud Gdb и установите для него что-то вроде
gdb --annotate=3 -d /usr/src/whatever -d ~/more/src
(--annotate=3
требуется для правильной работы GUD.)