Конечно, существует политика CLI Debian . Это сухое чтение, но, вероятно, прояснит некоторые детали относительно того, где некоторые файлы должны быть развернуты.
Должен признаться, что после прочтения у меня все еще есть некоторые сомнения, но следующим шагом, вероятно, будет изучение исходных текстов пакетов некоторых приложений CLI, уже находящихся в дистрибутиве, например keepass2.