SSL шифрует весь путь связи от клиента к серверу и обратно, поэтому да - заголовки будут зашифрованы.
Кстати, если вы разрабатываете сетевые приложения и заботитесь о безопасности данных, по крайней мере, вам следует прочитать книгу Нильса Фергюсона и Брюса Шнайера «Практическая криптография», и, возможно, дальнейшее чтение, которое в большей степени сосредоточено на безопасности веб-приложений, будь хорошей идеей Если я могу сделать замечание - и, пожалуйста, я не имею в виду это как личную критику - ваш вопрос указывает на фундаментальное непонимание базовых технологий веб-безопасности, и это никогда не является хорошим признаком.
Кроме того, никогда не бывает плохой идеей подтвердить, что данные, которые должны быть зашифрованы, действительно зашифрованы. Вы можете использовать сетевой анализатор для отслеживания трафика по проводам и следить за тем, чтобы что-нибудь чувствительное отправлялось в открытом виде. Я использовал Wireshark, чтобы сделать это раньше - иногда результаты могут быть удивительными.