Вы можете float
свои элементы влево и вправо и использовать повторяющиеся clear: both
для их выравнивания, как здесь: http://jsfiddle.net/eNRhQ/2/
Это гарантирует, что соответствующие div всегда выровнены, но, как вы можете видеть по границам, их высоты на самом деле не одинаковы. (Возможно, это понадобится только для стилизации ...)
Если вы действительно хотите выровнять свои div'ы программно, вы можете сделать это следующим образом в jQuery:
var left = $('#left-element');
var right = $('#right-element');
var maxHeight = Math.max(left.height(), right.height());
left.height(maxHeight);
right.height(maxHeight);
Но я бы позаботился о том, чтобы страница также выглядела нормально без Javascript