HBase предполагается использовать в качестве канонического хранилища данных (например, Big Table, который активно используется во многих сервисах Google). HDFS создана для MapReduce, но HBase построена на HDFS, что позволяет использовать не только MapReduce. HBase - это действительно база данных.
Основной причиной, по которой вам следует выбирать HBase вместо традиционных систем реляционных баз данных, является масштабируемость. Если у вас нет больших данных, не беспокойтесь об использовании HBase. Если вашему приложению требуется много объединений, требуется язык запросов, такой как SQL, и нет масштабирования данных по всему миру, предпочтите СУБД.
С другой стороны, если ваша реляционная база данных имеет огромное количество записей NULL, HBase является хорошей альтернативой, поскольку она редка: она не хранит значения NULL.