Для обычного приложения, как правило, очень разные версии используют разные имена пакетов.Если это так, вы можете использовать их одновременно без проблем.Однако, если они совпадают, вы можете использовать jarjar для переименования пакета.
Однако, поскольку вы используете веб-контейнер, каждое приложение должно использовать развернутую версию, а не другую версию.т. е. веб-контейнер работает для вас.
OSGi - это еще один контейнер, который намного более четко управляет версиями и дает вам больший контроль над этими проблемами (однако я считаю, что вам это нужно только для этого)