В приложении я использую Doctrine_Query::create() много раз.
Doctrine_Query::create()
Нужно ли мне вызывать закрытое соединение каждый раз, когда я им пользуюсь? Или доктрина сделает это для меня?
Каждый запрос использует одно и то же соединение. Нет необходимости закрывать его.
Вы можете проверить Doctrine_Manager, чтобы увидеть, как это делается.
Doctrine_Manager
Создание запроса не устанавливает новое соединение, поэтому вам не нужно беспокоиться вообще. Существует одно соединение, устанавливаемое каждым запросом администратором соединений Doctrine, и все ваши запросы будут проходить через это соединение.