У меня была такая же проблема. Я использую VS2010 от имени администратора, закрываю панели инструментов и выхожу из VS. В следующий раз, когда я запускаю VS (как Администратор), он снова показывает все панели инструментов.
Я решил эту проблему, закрыв одну панель инструментов и выйдя из VS. Затем снова откройте VS, закройте еще раз и снова закройте VS. Повторяйте, пока все панели инструментов, которые вы хотите закрыть, не исчезнут. Кажется, в VS2010 SP1 есть ошибка, из-за которой изменения в панели инструментов теряются, если сделано более одного изменения.