Вы не можете, если вы посмотрите на документацию набора запросов
Entry.objects.filter(pub_date__year=2005)
становится эквивалентом SQL:
SELECT ... WHERE pub_date BETWEEN '2005-01-01' AND '2005-12-31 23:59:59.999999';
Таким образом, вы не можете смешивать __in и __date концептуально. В любом случае вы не можете смешивать суффиксы, поскольку первый «суффикс» будет интерпретироваться как несуществующее отношение.
Вам нужно будет использовать фильтр меньше, чем фильтр, и больше, или, если список не является смежным, дополнительное поле where, что-то вроде:
SomethingModel.objects.extra(where=["YEAR(date) IN (" + ",".join([str(x) for x in [2003, 2008, 2010]]) + ")"])