Я думаю, что когда-то у меня была проблема, похожая на эту, которую я решил, удалив Sequoyah и CDT, затем сначала переустановив Sequoyah (чтобы он выбрал правильные зависимости CDT).
Если у вас все еще возникают проблемы с отладкой NDK (я знаю, что этот вопрос довольно старый), вы можете взглянуть на руководство, которое я написал, когда настраивал его. Вы можете найти это здесь .