Вы не можете. Команды #I и #r на самом деле являются инструкциями препроцессора, которые выполняются перед динамической компиляцией кода с помощью fsi, поэтому они поддерживают только строковые литералы. Это логично, если вы подумаете об этом, так как ссылочные сборки, возможно, должны скомпилировать код.
Однако команды #r и #I всегда берут относительные пути как находящиеся в месте расположения скриптов, так что это
#I @".\bin\Release"
должно работать очень хорошо (отметьте точку, чтобы убедиться, что это относительный, а не абсолютный путь).
Обратите внимание, что относительные пути времени выполнения взяты из рабочего каталога fsi (обычно это временный каталог), поэтому вам нужно использовать __SOURCE_DIRECTORY__ при загрузке файлов из ваших сценариев.