Логически, если какой-либо класс ссылается на удаленный класс, он должен выдать исключение classnotfound, но если вы получаете ошибку в удаленном классе, значит, созданная вами война не обновляется.
Попробуйте очистить и восстановить войну.
stop tomcat.
удалить временные каталоги, созданные tomcat для предыдущих запусков.
запустить tomcat.
и перед развертыванием войны проверьте в войне наличие удаленного класса, которого там быть не должно.