То, что вы описываете, во многом похоже на ядро распределенных / децентрализованных систем контроля версий (DVCS) .Наиболее популярными DVCS являются Git и Mercurial (и Bazaar в некоторой степени, хотя он кажется на порядок менее распространенным).
На самом деле, я делаю именно то, что вы описываете для некоторых непрограммных проектов,с Mercurial (в частности, TortoiseHg - эквивалент TortoiseSVN), и он работает отлично.У Git давно была плохая поддержка Windows и инструменты с графическим интерфейсом, но я не удивлюсь, если это изменится.Я никогда не использовал Git (никогда не был недоволен Mercurial, поэтому я использую его только для проверки источника проектов, использующих Git), поэтому я не могу ни судить о его пригодности для использования, ни рекомендовать интерфейс.