Согласно документам Сфинкса здесь , перекрестные ссылки на уравнения в настоящее время работают только в одном и том же документе. Я предлагаю отправить запрос об ошибке / функции, чтобы это изменилось (при условии, что его еще нет).
В качестве обходного пути вы, вероятно, можете использовать универсальный синтаксис перекрестных ссылок , поместив метку ссылки непосредственно перед уравнением, на которое вы хотите сослаться (в «другом» файле), например так:
.. _equation_in_other_file:
, а затем используйте что-то вроде:
:ref:` Link Title <equation_in_other_file>`
в «текущем» файле для ссылки на него.
(обратите внимание, вам необходимо указать явный заголовок ссылки)
Это не так элегантно, но оно должно выполнить работу.