Backbone создает только одну глобальную переменную, Backbone, поэтому не должно быть никаких конфликтов с любыми плагинами jQuery. Backbone также зависит от Underscore.js, который также создает только одну глобальную переменную _, поэтому он также не должен вызывать никаких конфликтов. А в случае конфликта и Backbone, и Underscore.js предлагают вам параметр noConflict ().
Я уже некоторое время использую Backbone с плагинами jQuery и не столкнулся с какими-либо проблемами. Вы будете использовать плагин так же, как и до введения Backbone. Например:
var MyView = Backbone.View.extend({
render: function(){
$(this.el).html('<div class="foo"></div>');
this.$('.foo').somejQueryPlugin();
}
});