Просто выберите один столбец за раз, и все будет в порядке.Например:
data[,2] = sample(data[,2])
data[,3] = sample(data[,3])
...
Если у вас много столбцов, вы можете расширить это следующим образом:
data[,-1] = apply(data[,-1], 2, sample)
РЕДАКТИРОВАТЬ: С вашим разъяснением об эквивалентности строк это просто:
data[,-1] = data[sample(nrow(data)),-1]