Что также хорошо работает, так это создание таблицы с запросом, а затем экспорт таблицы, как обычно, с доступными всеми параметрами экспорта phpmyadmin.Просто сделайте что-то подобное в окне SQL phpmyadmin
create table tmp_export
select * from xxxx
Нет проблем со сложными запросами и большими наборами данных при использовании этого подхода.