Убедитесь, что вы используете плагин resize :
<script language="javascript" type="text/javascript" src="jquery.flot.resize.js"></script>
//do plotting as normal
Если вы уже используете плагин resize, возможно, что-то более фундаментальное неверно ... Это может быть полезносм. больше кода в этом случае.