Я на самом деле не очень разбираюсь в факторах, влияющих на нагрузку на сервер, однако я думаю, что лучше всего было бы найти баланс между наличием одного большого куска и организацией ваших сценариев в значимые отдельные файлы. Я не думаю, что наличие пяти или около того разных файлов должно слишком сильно влиять на производительность.
Более важным фактором, влияющим на сжатие сценариев, являются различные онлайн-утилиты, которые избавляются от пробелов и используют более эффективные имена переменных, я думаю, что это приведет к гораздо более существенным улучшениям, чем сборка файлов вместе. .