Просто опубликуйте это здесь как потенциальное (простое) решение, потому что вы можете написать скрипт, который может аутентифицировать вас и создать проблему примерно в 4 строки. Я копался в этом уже несколько дней, и после того, как попробовал много разных методов, я думаю, что вам лучше всего подойдет PHP API https://github.com/ornicar/php-github-api, который совместим с github API v2 (но пока не с v3).
Это было невероятно впечатляюще, учитывая, что я пытался делать похожую работу; сначала в jQuery (что является ужасной идеей из-за проблем POSTing с политикой общего доступа к ресурсам), а затем cURL (это встретилось с похожей катастрофой). Эта библиотека - находка, вы можете использовать ее со всеми API и для обычной аутентификации / access_tokens.
Если вы не хотите использовать PHP, существует множество различных API для v2, которые вы можете использовать http://develop.github.com/p/libraries.html, которые поддерживают любое решение для кодирования, которое вам нужно. Надеюсь, что это поможет кому-то в дальнейшем.