Главный вопрос: кто / как будет использовать вашу библиотеку?
Если это только у вас, тогда используйте автозагрузчик Zend, это сэкономит ваше время. Вам не нужно изобретать велосипед.
Если вам нужно сделать вашу библиотеку общедоступной и использовать ее в разных проектах, то это может быть проблемой, поскольку она заставит пользователей вашей библиотеки также использовать Zend Framework. Так что в этом случае либо вы создаете свой собственный автозагрузчик, либо выбираете один из фреймворков / библиотек, но включаете его в свою библиотеку (следите за лицензиями).
Теперь по поводу использования автозагрузчиков: будут вызываться только зарегистрированные автозагрузчики. Если у вас есть собственный автозагрузчик, но вы не упомянули, как настроить его в своей документации, пользователи вашего кода никогда не будут думать о его настройке, и тогда он не будет использоваться.
Итак, основной ответ состоит в том, чтобы сказать: используйте много автозагрузчиков, зарегистрируйте их все, и все они будут вызваны, и все будет работать нормально. Но это может привести к конфликтам, потому что один автозагрузчик попытается загрузить что-то, что должно обрабатываться другим автозагрузчиком, поэтому вы должны быть осторожны с этим, а не злоупотреблять им.