Vim разделяет термины, cterm (цветовой терминал) и gui, поскольку они способны обрабатывать различное количество цветов
mango.vim дает только инструкции по выделению для cterm.Если бы это было для графического интерфейса, это выглядело бы так:
hi Comment term=bold ctermfg=Red guifg=Red0
Так что если в вашей цветовой схеме отсутствует поддержка графического интерфейса, она будет сброшена по умолчанию.