работал для меня.Получал то же самое Не удалось загрузить конфигурацию сервера в сообщении conf с Eclipse 3.7 Indigo (ColdFusion IDE).
Установлен Tomcat 6 на Win 7. Остановите все запущенные экземпляры Tomcat.Определите новый сервер, выбрав Tomcat 6. Нажмите Настроить среды выполнения ... Удалите все среды.Нажмите Seach ... Укажите на Tomcat dir: C: \ Program Files \ Apache Software Foundation \ Tomcat 6.0 (Должен найти). Затем нажмите OK и Готово.Запустите Tomcat из Eclipse.
К вашему сведению, Glassfish у меня не работал в Eclipse, поэтому я пошел с Tomcat.