Нет, вам не нужно запрашивать реестр.Установщик Windows имеет ряд встроенных свойств, которые автоматически разрешаются в специальные общеизвестные местоположения, такие как SystemFolder.
См. Свойства системной папки для получения более общей информации.Для WiX просто создайте элемент Directory как прямой дочерний элемент элемента TARGETDIR Directory:
<Directory Id="TARGETDIR" Name="SourceDir">
<Directory Id="SystemFolder" Name="SystemFolder" />
</Directory>
Если вы уже знаете это и хотите узнать, как ссылаться на DLL из C #, SystemFolder находится в пути поискапоэтому я не уверен, почему ты должен.Если бы это был я, я бы скомпилировал C # как x86 (AnyCPU сейчас немного не в моде) и использовал бы:
string myDllPath = Path.Combine( System.Environment.SystemDirectory, "my.dll" );