Если я вас правильно понимаю (и вопрос мог бы быть лучше сформулирован), вы спрашиваете, что произойдет, если вы развернете веб-сайт на другом сервере, чем тот, который вы использовали для его разработки. Краткий ответ таков: если компьютер, на котором размещена база данных, не доступен хост-машине веб-сервера, вам также придется повторно развернуть базу данных.
Другими словами, куда бы вы ни переместили веб-сайт на основе PHP и систему VB.NET, они должны иметь доступ к компьютеру, на котором размещен сервер базы данных. В противном случае я не вижу проблем с тем, чтобы они оба обращались к одной и той же базе данных.