Вы должны перенести информацию в другую переменную, которая будет существовать, когда окно будет уничтожено.Для списка папок хорошим решением будет std::vector<CString>
.
Внутри диалогового окна, когда пользователь нажимает ОК, просмотрите дерево и скопируйте пути к папкам в вектор.
За пределами диалога код выглядит примерно так:
CMyDlg dlg(this);
if(dlg.DoModal() == IDOK)
{
// Information is in dlg.m_vecFolders available
}