Этот код сделает курсор невидимым, а не прозрачным.
Но я надеюсь, что вы можете изменить его, чтобы сделать это:
from gi.repository import Gtk, Gdk
import cairo
s = cairo.ImageSurface(cairo.FORMAT_A1, 1, 1)
cursor_pixbuf = Gdk.pixbuf_get_from_surface(s, 0, 0, 1, 1)
cursor = Gdk.Cursor.new_from_pixbuf(Gdk.Display.get_default(), \
cursor_pixbuf, 0, 0)
win = Gtk.Window(title="Hello World")
win.show_all()
win.get_window().set_cursor(cursor)
Gtk.main()