Что это за приложение? Для веб-приложений обработка сеанса (включая тайм-аут) выполняется автоматически контейнером сервлета; значение времени ожидания устанавливается в файле конфигурации web.xml
.
Если вы хотите заново изобрести все эти колеса, тогда да, отдельный поток, который периодически (возможно, раз в минуту) проверяет все сеансы и выпускает тайм-ауты, звучит как разумная реализация.