Я не советую устанавливать classpath в качестве переменной среды, потому что она слишком навязчива (все ваши java-программы увидят это).
Командная строка для компиляции Java-приложения, которое зависит от Log4j, может выглядеть следующим образом:
javac -cp C:\dev\mvn\repo\log4j\log4j\1.2.16\log4j-1.2.16.jar AppenderTester.java
Если у вас есть несколько записей пути к классам, вам нужно разделить их точкой с запятой.
Для простоты использования вы можете создать скрипт запуска.Это может быть простой пакетный сценарий или более сложный сценарий ant (для этого требуется установка ant).
Это всего лишь верхушка айсберга, известная как «classpath hell».
РЕДАКТИРОВАТЬ: выможно также взглянуть на функцию Eclipse «экспорт работоспособного JAR», которая упаковывает ваше приложение вместе со всеми его зависимостями в файл JAR.