scrot - это программа командной строки, которая делает снимок экрана с дисплеем x11 и сохраняет его в файл, вы, вероятно, можете найти его в репозитории вашего дистрибутива или скомпилировать из источника: http://linuxbrit.co.uk/downloads/scrot-0.8.tar.gz
Scrot также имеет интерактивный выбор окна, что является плюсом