Personnaly, я создаю две большие папки, одну для клиентской стороны, а другую для сервера.
Для клиентской части (я использую symfony) я использую псевдоним apache. Так что это проще и централизовано.
Наличие двух хранилищ одинаково, но переключаться между ветвями не так просто.
Например, вы меняете протокол безопасности. Вы будете редактировать две стороны. Так что ветка это хороший солютон.
Если у вас есть два отдельных репозитория, вы не можете использовать одну и ту же ветку.