Извлеките Root WorkflowService и запустите его на wfApp
var svc = (WorkflowService)XamlServices.Load("c:\\path\\Service1.xamlx");
WorkflowApplication wfApp = new WorkflowApplication(svc.Body);
wfApp.Run();
Все еще не понимает причину запуска WorkflowService в приложении WorkflowApplication. Имейте в виду, что обратное действие (запуск рабочего процесса с действием получения в качестве WorkflowService) полностью допустимо.